Hver enkelt Scientology Kirke er registrert som en separat enhet og ledes av sitt eget styre. Lederne og styremedlemmene utgjør også den geistlige ledelsen av Kirken, og er fullt ut ansvarlige for å gi tjenester til menigheten sin.
Church of Scientology International (CSI), moderkirken til Scientology-religionen, har sitt hovedkontor i Los Angeles, California. CSI fører tilsyn med alle geistlige aktiviteter som utøves av alle Scientology Kirker, -organisasjoner og -grupper over hele verden, og sørger for at de individuelle kirkene får veiledning i sin prestegjerning. CSI sørger også for den generelle planleggingen og rådgivningen som er nødvendig for å sikre Kirkens internasjonale vekst.