Symbolet for Scientology er en «S» flettet inn i to trekanter. S-en står for Scientology. De to trekantene symboliserer to viktige begreper i religionen. Den nederste trekanten består av affinitet, realitet og kommunikasjon, som tilsammen gir forståelse. Den øverste trekanten består av tre andre nært relaterte faktorer: kunnskap, ansvar og kontroll.
Tross alt det Dianetics fikk løst omkring menneskets sinn og atferd, fantes det stadig et ubesvart spørsmål. Når noen ser på et mentalt inntrykksbilde, hvem er det så som ser på det bildet?
Gjennombruddet kom høsten 1951, etter at Hubbard hadde observert svært mange mennesker som brukte Dianetics, og hadde oppdaget visse opplevelser og fenomener som gikk igjen. Etter omhyggelig å ha gått gjennom all relevant forskningsinformasjon, isolerte Hubbard løsningen: Mennesket var ikke verken sinnet sitt eller kroppen sin, men et åndelig vesen. Dette var kilden til alt det gode, anstendige og kreative i verden: selve det menneskelige vesenet. Med denne oppdagelsen grunnla L. Ron Hubbard religionen Scientology, for nå hadde han klart beveget seg inn på religionens tradisjonelle domene – menneskets sjel.
Uttrykket sjel hadde imidlertid fått så mange andre betydninger fra dets bruk i andre religioner og praksiser, at det var behov for et nytt begrep for presist å uttrykke hva som var oppdaget. Hubbard valgte uttrykket thetan, fra den greske bokstaven theta, , det tradisjonelle symbolet for tanke eller liv.
En thetan er personen selv, ikke sin kropp eller navn eller det fysiske universet, sitt sinn eller noe som helst annet. Det er det som er bevisst om å være bevisst, identiteten som er personen. Man har ikke en thetan, noe man holder atskilt fra seg selv – man er en thetan.
På det tidspunktet var L. Ron Hubbards undersøkelse av det fenomenet, som kalles eksteriorisering, helt relevant for forskningen hans. Selv om forskjellige religiøse skrifter nevner fenomenet, hadde ingen undersøkt emnet så omhyggelig før. Ut fra sin forskning konkluderte Hubbard at thetanen kan forlate kroppen og eksistere uavhengig av den. I eksteriorisert tilstand kan personen se uten kroppens øyne, høre uten kroppens ører og føle uten kroppens hender. Hittil hadde mennesket forstått veldig lite om denne atskillelsen fra sinnet og kroppen sin. Med eksteriorisering innen rekkevidde i Scientology, får en person visshet om at han er seg selv, ikke kroppen sin.